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Le tecniche classiche di conta su piastra determinano solamente una bassa percentuale di microorganismi del suolo. L’approccio meta-genomico, basato sulla estrazione del DNA, e sulla purificazione e sequenziamento, con o senza clonaggio, del DNA estratto, consente di determinare la diversità microbiologica del suolo. Inoltre la meta-genomica del suolo consente di comprendere meglio i fattori microbiologici implicati nel miglioramento della fertilità del suolo, le interazioni tra microrganismi e piante e le potenzialità di accumulo di carbonio (carbon sink) da parte del suolo; può anche portare alla scoperta e al potenziale sfruttamento di microrganismi benefici in agricoltura, alla scoperta di nuovi geni e nuove funzioni metaboliche che possono consentire il biorisanamento e biotrasformazione (uso di enzimi nei processi industriali) di terreni inquinatied all’identificazione di nuove molecole ad attività farmacologica (antibiotici).
The plate counts only allow determining a small percentage of microorganisms inhabiting soil. This problem can be overcome by soil metagenomics, based on extraction of DNA from soil, its purification and sequencing. Soil metagenomics can also improve our understanding on microbial processes involved in soil fertility, mechanisms at the basis of the interactions between plant roots and soil microorganisms, and processes at the basis of carbon storage in soil; in addition it can allow the discovery of potential beneficial microorganisms, new genes and metabolic pathways to be used in bioremediation of polluted soils and the identifications of molecules, such as antibiotics, to be used for human health.
